このサイトについて
このサイトのテーマは,分子モデリングです.
分子モデリングは,分子の構造や性質をコンピュータ上で表現・解析する技術の総称です.研究対象として,生化学や食品化学の分野に焦点を当てています.
- このサイトのコンテンツは,アマチュアが,自己資本をもちいフリーの環境を利用して,自宅 & 独学で作成しています
- このサイトのコンテンツは,研究者や技術者によるチェックを受けていません
- このサイトの看板でもある「分子モデリング研究所」は,法人ではありません
分子モデリング研究所は,Pesca とのコラボを開始しました(2026 年 5 月).
Pesca は,筆者の弟夫婦が経営する焼き菓子とカフェのお店で,三重県伊賀市桐ヶ丘にあります.
目次(ページ内リンク)
このサイトについて
著作権
このディレクトリには,「フリー」としにくいコンテンツも置いてあります.
方針を多少修正して,
このディレクトリすなわち about ディレクトリに入っているコンテンツを除き,このサイトのコンテンツやソフトウェアは,「フリー」とします.
言葉は時代とともに,少しずつ表現や解釈が変化しきます.
現在,このサイトでは「フリー」を "Free and Open Source Software" (FLOSS) と解釈しています.
具体的には,このディレクトリに入っているコンテンツを除き,「著作権は放棄しないけれども,可能な限り縛りの少ないものとする」として,以下のように設定しておきます.
- このサイトで開発したソフトウェアは,MIT ライセンスの最新版としておきます
- ソフトウェア以外のコンテンツについては,クリエイティブ・コモンズ(表示)の最新版としておきます
- その他必要に応じてケースバイケースで考えます
作業内容
ご参考までに,作業の進め方を紹介しておきます.
- 開発環境を準備します.ここでは,Debian GNU/Linux 上で C++ や Python を使っています
- 準備した開発環境でソフトウェアを開発します.ここでは,分子モデリングソフトウェアを開発しています
- 開発したソフトウェアと連携させるソフトウェアを揃えます.ここでは,量子化学計算ソフトやケモインフォマティクスソフトなどを導入しています
- 準備したソフトウェアで研究を行います.ここでは,化学進化や食品科学の分野で研究ができないか検討しています
作業プラットフォーム OS は Debian GNU/Linux バージョン 13 "trixie" です.これは,Debian の安定版です.
ソフトウェアは,Debian の安定版にパッケージされているものを使っています.
安定版は,約 2 年周期でアップデートされています.これに伴い,ライブラリやアプリケーションのバージョンが上がります.
このサイトでは,このメジャーバージョンアップを機会と捉え,作業サイクルを組み立てています.
現在は,分子モデリングソフト Builcule および分子モデリングライブラリ libbuilcule のバージョンアップ中です.この作業に数ヶ月程度を要すると見ています(2025 年 12 月 30 日).
- インストールと環境整備
- Debian GNU/Linux メジャーバージョンアップに伴う関連コンテンツの改定
- 自作ソフトウェア Builcule および libbuilcule の開発← 今ココ
- 自作ソフトウェアを使った研究
レベルとポリシー
このサイトは,独学で作成しており,かつ何者にも成れていません.つまり,このサイトのレベルは,企業や大学等と比較してまだ問題にならないくらい低いということです.
このページをご覧になっておられるほとんどの方は,もっと先を歩んでおられるか,もっと先に先に進むことができるはずです.
一般に,研究成果はジャーナルに投稿されます.関連ジャーナルのを閲覧をおすすめします.
とはいうものの,時間をかければ内容はリファインされるはず.次世代が勉強する参考になるコンテンツを作っていこう,という考え方をこのサイトの目標とします.
そのうち,個人にしかできない研究が見つかるかもしれません.例えば,「Builcule で定番の分子モデリングソフトを目指す」とか.
個人での勉強は,企業や大学等には情報量では負けますが,外部評価からの自由,テーマ選択の自由,手持ちの時間や資金の融通の自由という利点があります.資金の獲得方法についてはこのサイトでは扱いませんが,例えば投資や起業など誰もが知っていて誰もが可能な方法があります.
これらの利点を活用すれば,レベルアップは可能なはずです.
参考用として,いろいろなコンテンツを作成するのも有意義なはずです.解説ドキュメントの充実やソフトウェアの開発が盛んになれば,研究や開発,研究のスタイルで相乗作用が期待できます.世代を通じて自由な研究スタイルが継承されていけば,時間を隔てた相乗作用が期待できるかもしれません.このサイトがそのような相乗作用の一部,せめて他山の石となれれば幸いです.
リスク
個人サイトゆえのリスク,関連技術によるリスクなどがあると考えます.
- 当サイトと同様あるいは類似のテーマで,より高品質のコンテンツが増加,当サイトが埋もれてしまう可能性があります
- AI の進歩により,この分野の勉強が不要になる日が近いのかもしれません.
- 私個人の健康等で継続できなくなる可能性があります.現在は,作業効率が大きく低下した状態で,回復の見込みがありません
作業ができる地謡であれば,レンタルサーバの契約終了日が近づく度に,継続するかどうか等を判断することにします.
次回の終了日は 2029 年 5 月 11 日です.
連絡先
右に画像でメールアドレスを記します.
Pesca
Pesca とのコラボを開始しました(2026 年 5 月).
Pesca は,筆者の弟夫婦が経営する焼き菓子とカフェのお店で,三重県伊賀市桐ヶ丘にあります.
分子モデリングや食品化学を駆使した焼き菓子の研究開発,をコンテンツ化するのは将来の課題として,
当面は伊賀の歴史に関するコンテンツを試作してみます.
店舗情報
ウェブサイトは作成中です.

Pesca のインスタグラム:新製品情報や営業日時などが投稿されます.
伊賀の歴史散策(コラボ記事)
ウェブや公共図書館を使えば,一般人でも入手できる情報はあります.
いくつかテーマを定めて,関連書籍を読み,現地を見物して,コンテンツを試作してみます.
- 近世伊賀の初瀬街道旅行記:初瀬街道は桜井市から伊賀南部を通って松阪市に至る街道です.Pesca はその阿保にあります
Pesca 周辺の風景(コラボ記事)
川上ダム(伊賀市青山羽根)
Pesca から数百 m のところに 川上ダムがあります.
川上ダム管理所横の展望スペースから,上流方向を摂りました.
あおやま川上湖祭り(2025 年 9 月)には Pesca も参加させていただきました.
撮影日:2026 年 5 月 7 日
桜山公園(伊賀市阿保 1730-3)
Pesca から 1Km あまりのところにある桜山公園です.
冬枯れの桜
珍しく雪が積もってきたので,撮影に.
今は冬枯れですが,あと 2 月ほどで満開になるのでしょう.
撮影日:2026 年 2 月 8 日
満開の桜
桜が満開になりました.
桜山公園から阿保の町並みを眺めています.
撮影日:2026 年 4 月 2 日