分子を追加

アルカンを追加

炭素数の設定

[編集(_E)]-[アルカンを追加(_C)] を実行すると，炭素数の入力を求めるウィンドウが表示されます．
作成したいアルカンの炭素数を入力してください．
画像は 2 と入力したところです．

[OK] ボタンを押すと，直鎖のアルカン（この例ではエタン）がユニットに追加されます．
ピックのしやすさ等を考え，作成できるアルカンの上限を 30 に設定しています．

追加後の状態

エタンが作成できました．

ペプチドを追加

アミノ酸配列の設定

[編集(_E)]-[ペプチドを追加(_P)] を実行すると，アミノ酸配列の入力を求めるウィンドウが表示されます．
作成したいペプチドのアミノ酸配列を 1 文字記号で入力してください．
画像は QWERTY と入力したところです．

[OK] ボタンを押すと，ペプチドがユニットに追加されます．
Builcule では，水素が除去された状態のペプチドを追加します．
ピックのしやすさ等を考え，作成できるペプチドの鎖長を 10 に設定しています．

追加後の状態

ペプチド QWERTY が作成できました．

座標の発生

立方体に三平方の定理を適用するだけで，n-アルカンの座標を発生させることができます．
正四面体とか，約 109.5 °とか考えているわけではありません．

n-アルカンを多少改造すればポリグリシンを得ることができます．
ポリグリシンを変異させれば，任意のペプチドを得ることができます．

メタンを立方体に収める

画像はメタンを立方体に収めた模式図です．

• 黒丸で表す炭素原子が立方体の中心に位置しています
• 青丸で表す水素原子は，8 個の頂点のうちの 4 個に位置しています
• 炭素-水素結合を赤色の直線で表しています

立方体であることと，炭素-水素の結合距離は既知であることから，適宜に原点等を定めれば，各元素の座標は三平方の定理で計算できます．

アルカンはメタンの立方体を並べればよい

考え方としては，図に示したように，

1. メタンの立方体を 2 個用意する
2. 水素原子の一つが重なり合う配置で，上の図の縦の 1 辺を合わせる
3. 重なり合った 2 個の水素原子を 1 個の炭素原子に変える

で，だいたい良いのですが，
実際にアルカンを構築するには，少しだけ考えを進める必要があります．

• 炭素-水素結合と炭素-炭素結合の長さが異なるので補正する必要があります
• 水素原子を 2 個しかもたない炭素原子が発生しますが，同じ考え方で水素原子を追加します

いくつかの距離を計算しておけば，座標は平行移動だけで求まります
例えば，末端の炭素を原点に置き，それに結合している炭素を順に Z-X 平面上に配置，・・・といった感じです．

アルカンからペプチドへの変換

アルカンと同様に座標を計算してもいいのですが，Builcule では，分子を編集するための機能を利用してペプチドを生成しています．
画像は，n-ヘキサンから Gly-Gly を生成する手順を示したものです．

1. ペプチドの長さに応じた n-アルカンを生成．炭素 3 個でアミノ酸 1 個
2. 水素を除去．ただし，末端の水素 1 個は残す
3. カルボニル基を生成．SP2 酸素を 1 個分岐
4. 元素を変更：N にしたい炭素を窒素に，OXT にしたい水素を酸素に

引き続き，入力した配列に従い変異させます．