表示と選択

Builcule では，分子の編集を目的としていくつかの表示様式を実装しています．
これらは，下記の機能の組み合わせです．

目次（ページ内リンク）

セリンを例にして，Builcule での基本的な表示様式を紹介します．
Builcule では，原子を球で，共有結合をシリンダまたは針金で表現しています．
いろいろな表示オプションは，これらのサイズや色を変更することにより実現しています．
スケールは全ての様式で同じです．

メニュー：[表示と選択(V)]-[棒球(B)]
ユニット内の全ての分子を棒球モデルで表示します．
水素原子の半径を 0.35Å，その他の原子の半径を 0.5Å，共有結合の半径を 0.15Å としています．

メニュー：[表示と選択(V)]-[空間充填(S)]
ユニット内の全ての原子を球で表示します．
空間充填様式では，原子の半径をファンデルワールス半径としています．
なお，ファンデルワールス半径が不明（私が調べられなかったの意）の場合は 0.6Å としています．

メニュー：[表示と選択(V)]-[針金(W)]
ユニット内の全ての分子を針金で表示します．

ユニット 0 またはユニット 1，およびユニット 2 で分子が作成されている場合は，針金の色は黒にしています．
ユニット 2 で，ユニット 0 とユニット 1 を同時に表示する場合は，ユニット 0 の分子を赤色でユニット 1 の分子を青色で表示ます．

ユニット 0 とユニット 1 で作成した分子の大きさを比較するための機能です．
重ね書き用のウィンドウを表示して，ユニット 0 と 1 を針金様式で重ね書きします．ユニット 0 が赤色，1 が青色です．

重ね書きウィンドウ上でマウスの左ボタンを押してドラッグすると，両ユニットの分子が描画領域の中心を原点として回転します．
この回転により，メインウィンドウで作成した分子も回転します．

デフォルトの視点は，ユニット 1 の視点としています．
ユニット 0 の視点にするには，[表示(V)]-[視点を変更(C)] を実行してください．
もう一度実行するとユニット 1 の視点に変更します．

ピックした原子がどの分子またはアミノ酸に属するのかを調べる機能です．
結果は，分子エディタまたはアミノ酸エディタを反転表示して示します．
ここでは，ピックした原子が属する分子を調べてみます．

モデル系としてメタンとエタンを作成しました．
メタンの炭素原子をピックしました．

画像は，[選択(S)]-[ピックした原子が属する分子を選択] を実行した後のようすです．
分子エディタの「分子 0」が反転表示しています．
メタンが属する分子は「分子 0」ということです．

分子またはアミノ酸を，選択/非選択によって描き分ける様式です．
選択した分子またはアミノ酸を，棒球または空間充填様式で，他は針金様式で描画します．
画像は，分子を選択し， [表示(V)]-[選択した分子を空間充填で] を実行した後のようすです．

操作

内部での処理

例えば，タンパク質サブユニットの相互作用や，薬物とタンパク質の相互作用を解析したり，改変したりすることを目的とする機能です．
以下の 3 種類のメニューコマンドを作成しました．

ここでは，ピックした原子近傍の原子を検知してみます．

図のようなモデル系を作成し，メタンの炭素原子を 1 個ピックしました．

[選択(S)]-[ピックした原子の近傍原子を検知] を実行すると，範囲の指定を求めるダイアログボックスが表示されます．

希望の数値を入力して [OK] ボタンをクリックすると検知が実行され，条件に当てはまる原子が球で，他は針金で表示されます．
球で表示されている原子をピックして，[選択(S)]-[ピックした原子が属する***] を実行して，分子エディタやアミノ酸エディタで選択可能です．